FTPの先にあるファイルのハッシュ値(SHA-1またはMD5)を比較してファイル同期できる、このソフトいいですね。JavaベースなのでWindowsでも使えます。
UNIXならNFSとrsyncを使ってやってきたことですが、リモートのWindowsにあるファイルを同期する場合は、共有フォルダを使うか、FTPサーバにしないといけないですね。共有フォルダを使う場合はSyncToyでもできるかも(ファイル比較のロジックは日付かハッシュか分かりませんが)。
個人的には慣れたFTPサーバを使いたいところですが、Windowsで動くフリーで安定感のあるFTPサーバって何がよいですかね？このサーバを使ったことがありますが、使い勝手と安定性がいまいちだったようですが、バージョンが上がっているようなので一度使ってみないといけません。
これがメジャーでしょうか？
